Fransız yönetiminin Mehmet Celal Bey konusunda İstanbul Hükümeti’ne uyguladığı baskılar sonuç vermiş ve daha bir yılı dolmadan Mehmet Celal Bey görev değişikliği bahanesi ile İstanbul’a çağrılmıştı. Fransız yönetimi sonunda amacına ulaşmış ve baş belası olarak niteledikleri bu güçlü, inançlı ve tecrübeli Osmanlı bürokratından kurtulmuşlardı.          

Celal Bey’e göre Halep’te ve özellikle Konya’da hayatlarını kurtardığı on binlerce Ermeni ne kadar mazlum ve mağdur ise Fransız işgalindeki Adana’da işbirlikçi azınlıkların ve özellikle bir kısım Ermenilerin mezalimine maruz kalan Müslüman Türk vatandaşları da o derece mazlum ve mağdurdu. Ona göre devletin temel görevi, vatandaşını mağdur etmemek, onların mağdur olmasına engel olmaktı. İnsanların etnik kimliğinin bu görev anlayışında hiçbir önemi yoktu. Bu, onun devlet, adalet ve aslında insanlık anlayışı ve yaşama bakışı idi. Osmanlı yönetiminin bu tecrübeli, inançlı ve güvenilir bürokratı emekli etmeye niyeti yoktu. Bir süre sonra işgal altındaki İstanbul’a şehremini olarak tayin oldu. İstanbul’daki işgal kuvvetlerine kendini saydıran bir bürokrat olarak tarihe geçti. Bu arada İstanbul’daki silah mühimmat depolarından çalınan ve Karakol Cemiyeti vasıtası ile gizlice Anadolu’ya sevk edilen silah ve mühimmatın trafiğine göz yumuyor ve hatta bu trafiği gizlice destekliyordu.  Karakol Cemiyeti, Kasım 1918 ile Mart 1920 arasında çok sayıda İttihatçı subayını -birçoğu aranmakta olan isimlerdi- Anadolu’ya gizlice kaçırmayı başarmışlardı.

İttihatçı liderlerin savaş bitmeden önce attıkları en büyük ve yararlı adım, Karakol’un kurulmasıydı. Asıl kurucuları Miralay Kara Vasıf,  Baha Said Bey ve Kara Kemal olan örgütün amacı, aslında savaş sonrasında İttihatçıları korumak ve onları İtilaf Devletleri’nin, liberallerin, Hıristiyan cemaatlerin intikam isteklerine karşı korumaktı. Ayrıca başkentten yetenekli insan, para, silah, erzak ve araç gereç göndermek suretiyle Anadolu ve Kafkasya’daki direnişi güçlendirmeyi amaçlıyordu.

Karakol bu amaçla Anadolu’da gelişmekte olan direniş hareketine İtilaf Devletleri’nin denetimi altındaki Osmanlı depolarından çalınmış büyük miktarda silah, erzak ve cephane sağlamıştı. Bu eylemlerde Teşkilat-ı Mahsusa ajanlarından başka, halen Kara Kemal’in denetiminde olan hamal ve kayıkçı esnafın, Harbiye Nezareti telgraf dairesi memurlarının çok büyük rolleri oldu. Karakol, direniş hareketine hükümet dairelerindeki kendi casusluk şebekesinden edinilmiş istihbaratı da temin etmekteydi. Osmanlı bürokrasisinin Anadolu’daki milliyetçilerle olan işbirliğinin anlaşılması İngilizlerin İstanbul’u resmen işgalinin başlıca nedeniydi.

İşte böyle bir ortamda şehreminlik görevini sürdüren Mehmet Celal Bey, bir yandan derinden bağlı olduğu Osmanlı’ya hizmet verirken, bir yandan da Adana Valiliği döneminde yakınlık kurduğu Anadolu direniş hareketine gizlice destek vermeye çalışıyordu.

Yine aile içerisinde anlatılan bir hikâye onun İstanbul’daki görevini nasıl yerine getirdiği hakkında fikir vermektedir: İşgal altındaki İstanbul’da bir tören esnasında bir İngiliz subayı bir Osmanlı subayına herkesin önünde ve hatta Mehmet Celal Bey’in de bulunduğu bir ortamda tokat atar. Mehmet Celal Bey olaya o anda tepki gösterip müdahale etmez. Ertesi gün o İngiliz subayının kaybolduğu haberleri İstanbul’u sarsar. Dedikodulara bakılırsa o İngiliz subayı büyük ihtimalle Osmanlı yönetimi veya derin devlet tarafından tarafından gizlice öldürülmüştür. Ancak çok muhtemeldir ki Mehmet Celal Bey’in törenin ardından İngiliz yetkililere gösterdiği tepki, uyguladığı baskı ve ısrar sonucu subay apar topar memleketine gönderilmiştir.