Mehmet Celal Bey, Halep şehrinde hiçbir sivil Ermeni’nin zorla uzak bölgelere gönderilmesini gerektirecek bir kusuru olmadığını düşündüğü için merkezden gelen nakil emirlerini dikkate almaz. Bu itaatsizliğinin sonucunda Halep Valiliği’nden alınıp Konya Valiliği’ne atanır. Konya’ya gitmeden önce sağlık nedenlerinden dolayı İstanbul’a geldiğinde “Ermenilere yapılanın, mukaddes vatanın yüksek menfaatlerine zıt olduğunu” tüm yetkililere hem yazılı hem de sözlü olarak bildirir. Hatta Konya’ya bu işe daha uygun başka bir devlet yetkilisinin tayin edilmesini ister; Konya’daki Ermenilerinin nakil olmayacaklarının güvencesini aldıktan sonra Konya’ya gitmeyi kabul eder. Henüz yoldayken verilen sözün tutulmadığını ve Akşehir’de Ermenilerin evlerinden çıkarılarak istasyonlarda toplandıklarını görür. Şehir merkezine vardığında buradaki Ermenilerin de istasyonlarda toplandıklarını, ayrıca İzmit, Eskişehir ve Karahisar’dan gelenlerin de Konya’da bekletildiklerini görünce dehşete düşer. İstasyondaki Ermenilerin sefalet içindeki hallerine tanık olur. Konya Ermenilerinin tümünü evlerine geri gönderir. Diğer bölgelerden gelenlere ise muhacir fonundan yevmiye verdirmeye başlar. Haydarpaşa garından gelen trenler her gün binlerce Ermeni getirmektedir. Bunların daha güneye sevk edilmesi için emirler yağmaktadır. Mehmet Celal Bey, vagon olmadığı gerekçesi ile gelenleri Konya’da tutmakta, daha öteye gönderilmelerine izin vermemektedir. Hem İstanbul hem Konya’daki yetkililer Mehmet Celal Bey’in tehcir konusundaki görüşlerini  biliyorlardı çünkü Mehmet Celal Bey bu uygulamanın memleket için bir felaket olacağını her fırsatta dile getirmekteydi. Resmi ve gayri resmi tehditler onu etkilememekte, düşüncelerine ve inandığı doğrulara uygun şekilde icraatına devam etmekteydi. Artık her gün, emirlere karşı geldiği yönünde İstanbul hükümetine jurnallenmekteydi. Gerçi İstanbul’daki tüm üst düzey yetkililer Mehmet Celal Bey’in bu konudaki düşüncelerini biliyorlardı. Mehmet Celal Bey belirli güvenceleri aldıktan sonra Konya Valiliği görevini kabul ettiği için kendisinde emirlere karşı koyma, inançlarının ve vicdanının ona emrettiği şekilde icraatta bulunma hakkını görüyordu. Ancak baskılar iyiden iyiye artmıştı. İstanbul hükümeti artık Mehmet Celal Bey ile işbirliği yapamayacağını anlamıştı.Kendisi de artık görevine devam edemeyeceğinin farkındaydı. Görevinden alınmasıyla ve istifa başvurusu aynı tarihe rastladı. Konya’dan ayrılıp İstanbul’a döndü. Görevi sırasında Konya Ermenileri evlerinde kalmışlar, diğer bölgelerden gelen yaklaşık otuz bin Ermeni çeşitli gerekçeler ve bahanelerle daha güneye gönderilmeyip Konya’da onun himayesinde tutulmuşlardı. İstanbul’a döndüğünde kararın memleketin çıkarları doğrultusunda yanlış olduğunu her fırsatta ve her seviyede anlatmaya çalıştı. Fakat fikirleri kabul görmedi.

Mehmet Celal Bey’e göre Ermeni vatandaşların da itiraf ettiği gibi savaşın başında henüz hiçbir Ermeni’nin burnu kanamamışken, Ermeni çeteleri Doğu Anadolu’da ordunun erzak yollarını vurmakta İslam köylerini yakıp yıkmaktaydılar. Rusların bizimle ile ilgili tüm istihbaratı Ermeniler üzerinden elde ediyor olmaları da oldukça önemliydi. Bu detayları en iyi bilen, iki yıl süreyle Erzurum Valiliği yapmış olan Mehmet Celal Bey’di. Savaşta olan bir ülke önce ordularının selametini düşünür ve bu gibi saldırıların olduğu bölgelerde yeri geldiğinde zalimce de olsa gerekli tedbirleri almaktan kaçınmaması gerektiğini bilirdi. Mehmet Celal Bey’e göre çeteciler  her şeyi yapabilirdi. Çünkü çeteciydiler. Ancak devletin görevi sadece suçlu olanları bulmak ve onları cezalandırmaktı. Dolayısıyla tüm bu sebepler toplu bir tehcirin gerekçesi olamazdı, olmamalıydı. Doğru veya yanlış vatanın selameti için Ermenilerin bulundukları yerlerden çıkarılmalarının gerekli olduğu düşünülmüşse bile, tehcir bu şekilde uygulanmamalıydı. Güneye sevk edilen Ermenilerin Arap göçebe kavimlerinin arasında gıdasız ve barınaksız telef olmaları kaçınılmazdı. Ermeniler asırlardan beri yerleşik bir kavimdi. Ağaçtan, sudan ve her türlü malzemeden yoksun bir Ermeni kavmi alışık olmadığı çöllerde yok olmaya mahkûmdu. Nitekim öyle de oldu.

Mehmet Celal Bey’e göre Ermeni  meselesinde Müslümanlar ve Türkler tamamıyla malzemeydi. Halep Valiliği esnasında tehcir edilen Ermenilere yerli Müslümanların yardım ettiklerine, toprak sahiplerinin ona başvurarak Ermenileri topraklarında iskân edebileceklerini söylediklerine şahit olmuştu. Halep ve Konya’da hiçbir Türk’ün Ermenilerin mallarına tecavüz ettiğine şahit olmamıştı. Daha da ötesi Halep ve Konya’da tehciri destekleyen hiçbir Türk ve Müslüman’a rastlamamıştı. Bu durumda Türk ve Müslümanlar Ermenilerin başına gelenlerden nasıl sorumlu tutulabilirlerdi?